רפי רותם עבד מאז 1984 במחלקת החקירות של רשות המיסים בת"א, בתפקידי חקירות ומודיעין. רותם, אשר זכה להערכה מקצועית רבה מהממונים עליו ומהסובבים אותו בגין כישוריו המקצועיים וניסיונו הרב בתחום החקירות, הועבר מתפקידו ליחידה אחרת של הרשות בעקבות התרעתו ב2003 על חשד לשחיתויות באגף המכס והפרת אמונים. ב2007 פוטר מהרשות, וכל זאת לאחר התנכלויות רבות שספג: תלונות על הטרדות, איומים, שימוש בלשון בוטה ועוד. סיומה של פרשייה זו הינו תקדימי, וניתן בינואר 2015 ע"י מבקר המדינה בכובעו כנציב תלונות הציבור, יוסף חיים קרא עוד